Theo nội dung văn bản, đối với giải pháp quy hoạch về đê và đường ven sông (nâng cấp đê hiện có thành đường chính khu vực và xây dựng 2 tuyến đường ven sông, chạy dọc sông tại các khu vực dân cư được tồn tại, bảo vệ và các khu vực được nghiên cứu xây dựng mới), Bộ NN-PTNT thống nhất với đề nghị của thành phố về việc nâng cấp đê hiện có đảm bảo an toàn chống lũ, kết hợp đáp ứng yêu cầu về giao thông. Đồng thời thống nhất giải pháp quy hoạch xây dựng về đường giao thông trên nguyên tắc không thu hẹp không gian thoát lũ, không nâng cao các tuyến đê bối hiện có, không xây dựng đê bối mới.
Tuy nhiên, theo bản đồ quy hoạch, phương án đề xuất xây dựng 2 tuyến đường ven sông được kết hợp chức năng là đê ngăn lũ với cao trình mặt đường +12,0 (trên mức lũ báo động 3) tương tự việc hình thành đê bối mới là không phù hợp.
Đối với đề nghị không di dời các khu dân cư Bắc Cầu, Bồ Đề của Hà Nội, Bộ NN-PTNT cho rằng, Quy hoạch 257 đã xác định một số khu dân cư nằm sát bờ sông, thuộc khu vực lòng sông co hẹp, tốc độ dòng chảy cao, dễ bị sạt lở gây mất an toàn, khi có lũ cần phải di dời, trong đó có khu dân cư Bắc Cầu, Bồ Đề. Mặt khác, trong quá trình thành phố rà soát điều chỉnh quy hoạch phòng chống lũ chi tiết trên địa bàn, đã xác định các khu dân cư trên cần từng bước di dời để đảm bảo an toàn. Vì vậy, Bộ NN-PTNT đề nghị thực hiện theo Quy hoạch 257.
Bên cạnh đó, Bộ NN-PTNT cho rằng, đề nghị bổ sung danh mục (giữ lại, cải tạo chỉnh trang, tái thiết) các khu vực dân cư hiện có ở bãi sông thuộc các quận Tây Hồ, Ba Đình, Hoàn Kiếm, Hai Bà Trưng chưa có trong phụ lục của Quy hoạch 257 là cần thiết và phù hợp.
Đối với 3 khu vực bãi sông Tàm Xá-Xuân Canh, Thượng Cát-Liên Mạc, Chu Phan-Tráng Việt, Bộ NN-PTNT cho biết, đây là khu vực được phép xây dựng và có thể nghiên cứu nhưng hồ sơ Bộ nhận được không có thông số cụ thể về diện tích quy hoạch xây dựng tại các khu vực bãi sông nêu trên.
Tuy nhiên, Bộ NN-PTNT cho rằng, với bãi Tàm Xá-Xuân Canh, tổng diện tích đất xây dựng đã vượt quá đất được xây dựng và chưa quy hoạch xây dựng về phía tuyến đê hiện tại theo Quy hoạch 257. Đối với bãi Thượng Cát-Liên Mạc, Chu Phan-Tráng Việt, tổng diện tích đất quy hoạch xây dựng vượt quá 5% phần diện tích bãi sông có thể nghiên cứu xây dựng. Đồng thời, một số diện tích đất quy hoạch xây dựng nằm ngoài phạm vi phần bãi sông có thể nghiên cứu xây dựng theo Quy hoạch 257 là không phù hợp.
Bộ NN&PTNT đề nghị Hà Nội chỉ đạo triển khai sớm lập phương án phòng chống lũ các tuyến sông có đê, phương án phát triển hệ thống đê điều trong quy hoạch thành phố trình Thủ tướng phê duyệt theo quy định của Quy hoạch 257. Bộ cũng đề nghị Hà Nội chỉ đạo nghiên cứu bổ sung quy hoạch phân khu về đầu tư nâng cấp củng cố hệ thống đê điều thuộc phạm vi quy hoạch. Trong đó ưu tiên xử lý những vị trí trọng điểm, vị trí xung yếu như cống Liên Mạc, khu vực đê Hải Bối…; nghiên cứu quy hoạch hệ thống kè, chỉnh trị dòng chảy kết hợp chỉnh trang bờ bãi sông; xây dựng, lắp đặt trang thiết bị, phần mềm quản lý giám sát hệ thống đê điều; không quy hoạch đất xây dựng tại các khu vực bãi sông không thuộc hoặc có vị trí không phù hợp với danh mục bãi sông được phép xây dựng, có thể nghiên cứu xây dựng tại phụ lục của Quy hoạch 257.
Bộ NN&PTNT kiến nghị thành phố cần quản lý chặt chẽ đất bãi sông, đê điều, bãi nổi, nhất là sau khi hình thành các tuyến đường ở bãi sông theo quy hoạch; có giải pháp quản lý khu dân cư tập trung hiện có được tồn tại theo quy hoạch, không để phát triển thêm số khu, diện tích, số hộ dân ngoài bãi sông. Đồng thời rà soát, xây dựng phương án lộ trình di dời các khu vực dân cư ở khu vực lòng sông co hẹp nguy cơ mất an toàn khi có lũ lớn và các hộ dân vi phạm pháp luật về đê điều…